次歸住室坐定曰：「今至自己之處所，心安矣！」是日中夜，稍示病相。次日，一切僧眾急請住世誦經等。下午，大師僅謂一切身分稍覺疼痛，復示現不明了之相。至第三夜，大師囑寶幢仁波卿云：「汝當與喇嘛迦舉巴，（迦舉巴是受持十部經論者，指達瑪仁勤也。達瑪仁勤，初以十部立宗，故得此名。）善住持此寺。」云云。
次日，持律名稱幢及大阿闍黎達瑪仁勤，在大師前時，大阿闍黎請云：「願悲愍我等，賜所教授。」因住持教法等語，前已囑訖，未重囑示。遂手取其帽，擲大阿闍黎懷中；又授一衣（其義即灌法王之頂）。曰：「當了知此義，好修菩提起心也。」是為最後之教授。大師於示現重恙之期間，仍每日修四座瑜伽等，行持曾未間缺。
次於二十四後夜，廣修薄伽梵勝樂輪之內供法。爾時復有種種希有境界，侍大師者，皆未敢請問而止矣。次於二十五，日光出時，三種空次第攝入一切空性，現證光明法身真勝義諦，此三界大法王，人天大導師，遂示寂涅槃。嗚呼慟哉！
大師前在示病之時，身相稍現瘦劣，至粗息內攝已，身相忽然圓滿，一切身分，成光明體，宛如十二歲之童子相。其光明則有見為紅黃色者，亦有見為黃白色者，復有見為真金色等。如文殊童子，外御隱珍之服，內住等持之定。時諸徒眾忽失依怙，憂惱纏縛，痛哭莫名；然睹如是希有妙相，不覺而生歡喜讚歎也。大師圓寂住光明定已，時虛空澄淨，離諸塵雲，經四十九日亦無微風飄抑，僧眾供諸酥燈，遍諸庭院，一切燈光無有傾動息滅之事。又於夜半靜時，天空之中時有微妙天樂，或日間亦有聞者。又於爾時，諸天散花，其花色白如「固目答」花，花色光耀如真珠，自空降時，宛如月墜。復有青黃紅等種種色者，量如大人掌許，紛飛如雨降。又有純白霞光，上豎如幡幢；寺之左右并前方，皆有五色霞光，充滿一切。
大師圓寂已，其徒眾數百，皆入大曼陀羅，以內、外、秘密三種供養，供養大師；發廣大願，願一切生中，值遇大師，慧眼觀照，慈悲攝受，受甘露法，依教修行，速疾證得金剛聖位。又復於前後藏中，一切僧眾道場，放茶施供，廣培勝福。
爾時克主傑謂眾曰：「近來末代諸出家眾，若遇親教阿闍黎等圓寂之時，遂即廢捨聞思修一切善行，留髮過量，變服喪服，收檢佛殿中幡帳等諸供養具，同於俗人。然今我等，應順大師本意，遠捨世俗規則。當念諸行，其相皆爾（皆無常相），於可厭患相，而作意之。（謂作意思惟：積聚皆消散，崇高必墮落，合會終別離，有命咸歸死。無常之事，人人具之，當深生怖畏厭患，一意欣求出離也。）仍當精進二種法輪（教證）之事，圓滿大師之志。」（謂大師意在勉眾修行耳。克主傑具正法慧眼及知佛法之扼要，慈誨後學，脫離愚法。今我中國僧眾，似亦深染此惡習，諸住持正法上人，願有所取焉。）