1 律海十門
2 律海心要
3 事師五十頌
4 事師五十頌廣解
5 比丘日誦
6 辯識阿含集頌
7 根本阿含集頌
8 正宗阿含集頌
9 菩提宗道菩薩戒集頌
10 沙彌戒集頌
11 定道資糧
12 止觀略法
13 三皈依觀頌
14 舍利弗阿毗曇禪定品學記
15 寶相讚
16 皈依三寶始終學修攝要頌
17 菩提道顯密修行次第科頌
18 菩提道次第心論（集至中士道，以後未完稿）
19 現證莊嚴論根本頌
20 現證莊嚴論顯明義疏
21 現證莊嚴論顯明義疏附講
22 慧行習練刻意成念記
23 增壹阿含學記
24 雜阿含學記（未完稿）
25 佛塔修造供養功德義利分別集經
26 華嚴經普賢行願品頌釋
27 華嚴經十地品講義
28 華嚴經十無盡藏品講義
29 康薩仁波切行跡記初稿
30 上師無上供養觀行法
31 文殊五字真言念誦法（廣及略二種）
32 文殊大威德勇猛怖畏金剛本尊成就方便法
33 文殊大威德怖畏金剛十三尊安善成就修行方便觀誦儀軌
34 文殊大威德迎請聖主儀軌
35 文殊大威德一尊息災增益二種火供觀行儀軌
36 文殊大威德息災護摩略法
37 大威德自身成就略法
38 雅馬達嘎持誦略法
39 白文殊儀軌念修法
40 文殊護持正法王供養激讚儀軌
41 文殊護持正法王供養儀軌（即中卻甲）
42 六臂依怙滿足供養法
43 吉祥大天滿足供養法
44 毗沙門天滿足供養法
45 吉祥天女供讚略法
46 馬哈嘎那供養略法
47 韻音天女供讚儀軌（廣及略二種）
48 百字明儀軌
49 三尊勝讚供養飲食觀行儀軌
50 水陸供施食儀
51 清淨法身天香供養法
52 大威德往生儀軌
53 毗盧儀軌
54 大悲儀軌
55 無量壽如來大願持誦法
56 迎請十六大阿羅漢儀軌（廣及略二種）
57 時輪金剛略儀軌
58 顯密修法略法匯編
59 寶瓶儀軌
60 塔像供藏加持法儀
61 灌頂法儀
62 灌頂壇儀
63 灌頂先知
64 灌頂法器圖
65 灌頂後總開示
66 本尊大威德怖畏金剛奇特殊勝之五法
67 菩提道次第前導六加行法儀軌
68 菩提道次第莊嚴儀軌（即馬扯修法）
69 大威德生起次第入門津要
70 大威德生起次第略引
71 大威德次第頌略引
72 大威德怖畏金剛甚深道第二圓成次第
73 大威德生圓次第秘密伽陀
74 六和合義
75 邊藏學佛法程
76 修行伏忍於三寶生習種性十心頌
77 普門品題解
78 四禪修法